با آغاز فعالیت حوزه و روحانیت ، مبارزه تازه ای بر ضد روحانیت شروع شد. این ، افزون بر میراث ادبی و فرهنگی ضد روحانیت بود که پس از مشروطه در ایران تولید شد.

در این فضا ، کسروی نقش عمده داشت.اما نوشته ای که حساسیت حوزه را  بیشتر بر انگیخت کتابچه اسرار هزار ساله علی اکبر حکمی زاده بود.دلیل حساسیت،این بود که او فرزند یکی از چهره های مقدس قم بنام شیخ مهدی حکمی ،میزبان موقت آیت الله حائری موسس حوزه ،درابتدای ورودش به قم بود.اما کارش بالا گرفت و با رفاقت و ارتباطی که با کسروی پیدا کرد تا جایی پیش رفت که آن کتاب را نوشت.

هدف اصلی اش از نگارش آن ،نقد شعائر شیعی بود و در آنجا 13 سؤال را درباره توسل ، استخاره،اصل امامت،احادیث مربوط به عزاداری و ثواب آن ،قدرت مجتهد در عصر غیبت ، حکومت ظلمه،مالیات،قانون و قانونگذاری ،ابدی بودن قوانین اسلام،ناسازگاری برخی از احادیث با عقل و زندگی وعلت عدم علاقه مردم به دین ،مطرح کرده.

او مجله همایون را نیز راه اندازی کرد که 10 شماره در قم منتشر شد.

درجواب کتابش شیخ مهدی خالصی مطالبی را نوشت که چون همراه با انتقاداتی به مذهب نیز بود و بعضی اشکالات را پذیرفته بود مورد پسند علما واقع نشد.

در این زمان امام (ره) کتاب کشف الاسرار را در جواب او نوشتند که این ،اولین حرکت آشکار و عمومی امام (ره) بود.

امام در مورد ادعای حکمی زاده که فقها حکومت را حق خویش می دانند،درمرحله اندیشه و نظارت ، تایید میکنند.اما در مرحله اجراء ، منتفی می دانند.در واقع طرح این مسئله توسط حکمی زاده و دیگران ،چنین تحلیل می شود که آنان می خواهند حال که روحانیت موقعیت خوبی برای تبلیغ دین و پیشرفت پیدا کرده، روحانیت را درمقابل حکومت قراردهند و نباید بگذاریم آنها به هدفشان برسند.

بعدها که امام از روحانیون خواست تا در امور اجرایی مشارکت کنند بخاطر نبودن افراد صالح به اندازه کافی در آن زمان بود.